Het Afrika Museum kan putten uit een verzameling van ruim 8000 vaak verrassende kunstwerken en gebruiksvoorwerpen.

Bij de oudste collecties ligt het zwaartepunt op gebieden als Angola, Gabon en Senegal. In de loop der jaren werden deze collecties verder uitgebreid met belangrijke verzamelingen uit diverse regio’s waaronder Nigeria, de Democratische Rep. Congo, Togo, Benin en Oost-Afrika. De afschaffing van het apartheidsregime in begin jaren 90 en het einde van de culturele boycot brachten ook Zuid-Afrika als verzamelgebied in beeld.

Meer dan ooit tevoren neemt het heden een centrale plaats in het Afrika Museum in. Circa 3% van de collectie wordt gevormd door objecten en installaties die gerekend kunnen worden tot de hedendaagse Afrikaanse kunst en de Afrikaanse diaspora-kunst.

Hiervoor werd sedert de jaren 1999/2000 een actief verzamel- en tentoonstellingsbeleid geformuleerd, waarmee het Afrika Museum als eerste volkenkundig museum in Nederland het aankopen en exposeren van hedendaagse Afrikaanse kunst en kunst uit de Afrikaanse diaspora op de kaart zette. Uitbreiding van deze collectie vond plaats tot het moment van de fusie in 2014.